Perlemor afsættes i mange tynde lag ovenpå hinanden. Hvert lag er så tyndt, at der skal 1.000 lag til at opnå en samlet tykkelse på 0,5 millimeter på en perle. Afhængig af vandets temperatur og muslingens art og fysik kan der afsættes 2 - 7 lag i døgnet. Når lagene hærder, dannes perlen, og processen kan stå på i årevis. Når lyset reflekteres gennem disse lag, får perlen et regnbueagtigt skær.
Rent kemisk består perlemor primært af kalk, skleroproteinet konkyolin og vand.
Perlemor på indersiden af muslingeskallen – i praksis en glat "foring" af skallens inderside – kan have lidt højere indhold af vand og konkyolin end den perlemor, der afsættes på perler.